结肠炎治疗主要是应用调节胃肠道功能、抗炎、抑菌的药物，如地衣芽孢杆菌活菌胶囊、肠炎宁、柳氮磺吡啶、美沙拉嗪、激素类药物等处理。由于结肠炎可能经常反复发作，病情严重度不同，所需要的药物选择不同，主要治疗目的是减少急性发作，维持缓解，防止并发症。
1，结肠炎发病和细菌感染、肠道功能紊乱或精神心理焦虑过度或抑郁等综合因素有关系，而地衣芽孢杆菌活菌胶囊有抗炎、抑制病菌和促进肠道乳酸杆菌或双歧杆菌生长、促进肠炎黏膜修复等作用。同时注意少吃或不吃辛辣、刺激性、高脂肪、油炸、坚硬粗糙、不易消化的食品，减少症状复发。
2，肠炎宁是中药制剂，具有清热、消炎、止痛和行气、导滞等作用，对大肠湿热所致的结肠炎症状有治疗作用。
3，柳氮磺吡啶：具有抗炎、灭菌、免疫抑制作用，结肠炎发病与免疫机制失调等情况有关系。柳氮磺吡啶大部分在肠道吸收，局部治疗抗炎作用较好，当病情缓解后仍然需要继续用药，长期维持治疗。
4，美沙拉嗪：该药具有抑制肠壁炎症反应，抑制引起炎症的前列腺素合成与白三烯的形成，抑制肠道炎症进展，缓解肠炎症状。在用药治疗的基础上，情绪和饮食管理至关重要。
5，琥珀酸钠氢化可的松加毫升生理盐水灌肠用药治疗，病情反复、激素类药物仍不理想者，可以考虑加用免疫抑制剂，如硫唑嘌呤或巯嘌呤。此类药物有抗炎、抗过敏和抑制免疫反应等作用，用药治疗不理想人群可考虑使用。
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